第1集：旅行开始 从双叶镇到真砂镇 （小光登场） （小光得到波加曼 并看到艾姆利多 ）
第2集：寻找皮卡丘！202号道路！（小次郎得到尖牙笼）（小智收服姆克儿）（小刚归队） （强敌真司露面)
第3集：对战劲敌 三对三 ！（小光加入）（真司的姆克儿被放生）
第4集：波加曼对战含羞苞 小光的初次对战！
第5集：收服草苗龟(小智收服草苗龟）
第6集：迷惑之森 与真司的再度相遇 （真司收服到惊角鹿和圈圈熊，惊角鹿被放生)
第7集：波加曼加油！
第8集： 谜之道馆的不良蛙！（小刚收服不良蛙）
第9集：和卷卷耳一起玩(小光收服卷卷耳）
第10集：神奇宝贝手表入手困难 （小光得到神奇宝贝表）
第11集：小光！华丽大赛初登场 （小望登场）
第12集：华丽大赛战斗!劲敌对决! （小光挑战祝庆华丽大赛落败）
第13集：姆克儿加油!（小刚的爱哭树学会模仿） (小智的姆克儿进化成姆克鸟)
第14集：一切交给小刚吧! (小刚的爱哭树进化成胡说树)
第15集：黑金道馆!平田对战真司!
第16集：头盖龙VS皮卡丘! （小智挑战黑金道馆落败）
第17集：古代小精灵大进击!
第18集：再战黑金道馆!决战战槌龙（小智得到煤炭徽章）
第19集：收服帕奇利兹没问题?(小光收服帕奇利兹）
第20集：神奇宝贝猎人J！（神奇宝贝猎人J登场）
第21集：最强的鲤鱼王与最美的笨笨鱼!
第22集：帕奇利兹VS长尾怪手!
第23集：爆走大钢蛇，守护大牙狸之村!
第24集：小智对抗皮卡丘!?
第25集：怪杰罗丝雷朵与花传说!
第26集：小精灵华丽大赛，索诺大会! （波加曼学会漩涡）（健悟登场）
第27集：决战，波加曼对波皇子! （小光得到苑之缎带勋章）
第28集：飘飘球与北风的使者!
第29集：小智与小光，双人合作赛没问题!?
第30集：百代森林，结草儿进化作战!
第31集：草苗龟对草苗龟！速度对决!
第32集：琥珀之城的女皇蜂!
第33集：神奇宝贝变装大会 (小刚赢得比赛，小刚得到蛋)
第34集：泳气鼬!通向最强的道路 （小光收服泳气鼬）
第35集：四大天王五洋与青铜钟! （新奥的四大天王五洋登场)
第36集：神奥时空传说!
第37集：百代道馆！对战菜种! （小智得到三叶徽章）
第38集：高速自行车道上的伟大诞生!!(小刚的蛋孵化成好运蛋)
第39集：皮卡丘来看家？
第40集：『冠军』竹兰登场！
第41集：小光和小望与双人合作赛！
第42集：落雷兽训练中心！
第43集：梦妖魔！从恶梦中逃脱！！
第44集：帮助迷路的怪河马！
第45集：猎人J再次登场！守护盾甲龙（小茂登场）
第46集：迷路曳行！全员紧绷！
第47集：美留与凯西与水之底！
第48集：小智与小光！迎向新的冒险！！【总集篇】
第49集：小精灵华丽大赛！缘之大会！！（小光挑战缘之大会落选）
第50集：全员参加！联协对战！！
第51集：小火焰猴VS猫鼬斩！命运的对决！！（真司舍弃小火焰猴）（小智邀请小火焰猴加入队伍）
第52集：双人合作赛！决胜战！！（小智收服小火焰猴）（真司的电击怪进化成电击兽）
第53集：小火焰猴之泪!
第54集：菜种与沙漠奈亚！再见是为了谁！（小次郎的沙漠奈亚离队）
第55集：长尾怪手与泳气鼬！各自的道路！！（小光的泳气鼬和小智的长尾怪手交换）
第56集：花岩怪的楔石！
第57集：大尾狸心知肚明！
第58集：大朝北鼻！热血之魂！
第59集：伦琴猫之眼！
第60集：随镇遗迹的未知图腾！(小光的长尾怪手进化成双尾怪手)
第61集：神奇宝贝丽大赛！随镇大会!!（武藏得到随意缎带勋章）（小光落选）
第62集：女仆咖啡店的大奶罐！（小刚的好运蛋学会神秘力量）
第63集：小山猪三重奏对抗温泉烟雾！
第64集：天蝎王与天蝎（小智收服天蝎，草苗龟学会能量球）（真司收服天蝎王）
第65集：帕奇利兹在河马兽嘴里！？
第66集：路卡利欧 愤怒的波导弹
第67集：小光初次挑战道馆战！（小光挑战格斗道馆落败）（小智的大胖翁学会英勇之鸟）
第68集：帷幕道馆！路卡利欧VS泳气鼬！！（小智的叉尾浮鼬学会水波动）（小智得到格斗徽章）
第69集：华丽的装束！其名为银河团！！
第70集：身为美丽的铃当响！
第71集：神奇宝贝护林员！波导的利欧路！（前篇）
第72集：神奇宝贝护林员！波导的利欧路！（后篇）
第73集：再见了 毒粉蝶！（武藏的毒粉蝶放生）
第74集：皮卡丘！雷丘！通向进化的道路！！
第75集：华丽大赛尊者·米可利登场！！(小遥露面）
第76集：七星级餐厅！以联协战斗享受豪华宴席！！（小遥暂时归队）
第77集：强敌云集！米可利杯！！
第78集：激斗！各自的劲敌！！（小智看到亚克诺姆 ）
第79集：决战！小光对小遥！！（小遥离队）（小光得到水之缎带勋章）
第80集：阳阳玛！收服作战！！（武藏收服阳阳玛，阳阳玛学会原始之力并进化成梅卡阳玛）
第81集：灼热的小火猴！
第82集：野濑大湿原的不良蛙庆典！？
第83集：野濑会馆！VS Maximum假面！！（小智得到波纹徽章）
第84集：里山先生家的大食客小山猪！(小光收服小山猪)
第85集：天蝎！友情之翼!!（小智的天蝎进化成天蝎王)（再次遇见小茂）
第86集：缘之时装系列发布会！通往小精灵造型师之路！！
第87集：拦路的可达鸭！
第88集：宠物小精灵夏日学校课程!（进入训练学校）（小葵首次登场）
第89集：研究报告！湖的传说！
第90集：放学后是幽灵时间！？
第91集：最后的大胜负！宠物小精灵铁人三项！！（离开训练学校）
第92集：回归原点的火箭队！？
第93集：跳的拳击练习场领导人！梅丽莎登场！
第94集：帕奇利兹发烧了! 两人来看护!?
第95集：神奇宝贝华丽大赛－神巫大会！（小光得到神巫缎带勋章）
第96集：银河团的袭击！！(前篇）
第97集：银河团的袭击！！(后篇）
第98集：漂浮的未知怪物！？（小葵再次登场）
第99集：四天王阿柳！相会与离别之森!(新奥的四大天王阿柳登场）
第100集：草苗龟、树林龟…然后是土台龟！（小智的草苗龟进化为树林龟）
第101集：劲敌训练家·小纯登场！！（小纯登场）
第102集：绿缘道馆战！对抗梅丽莎！！（小智得到茵缘徽章，武藏得到河原缎带勋章）
第103集：混战混乱 水脉市！
第104集：克雷色利亚神对抗达克莱伊！（小光的小山猪进化为长毛猪）
第105集：羊羹与洛托姆！
第106集：与神奇宝贝友好相处之道！？（小智的天蝎王学会火之牙）（小光的长毛猪进化象牙猪并学会原始之力）
第107集：战槌龙对抗护城龙！！
第108集：水脉道馆战！钢铁的对战！！（小智得到钢铁徽章）
第109集：迷路的吼吼鲸！
第110集：阿玄与路卡利欧！
第111集：钢铁岛的遗迹！
第112集：皮卡丘与波加曼漂流记！
第113集：恶作剧的霏欧纳
第114集：神奇宝贝华丽大赛 通草大会!! （帕奇利兹学会愤怒门牙）（小光得到通草缎带勋章）
第115集：野蛮的君莎与搭档聒噪鸟！
第116集：暴风雪中的雪妖女！
第117集：火箭队解散！？
第118集：神奇圆环！天空大决战!!（小智的姆克鸟进化成姆克鹰并学会近身拳）
第119集：激烈冲突！象牙猪对抗波士科多拉！
第120集：特别篇：不可思议的生物 神奇宝贝！【总集篇】
第121集：寂寞的雪笠怪！！（树林龟学会岩石攀登）
第122集：进化！这次是圆企鹅!?
第123集：神奇宝贝华丽大赛立浪大会!! （小光挑战立浪大会落败）
第124集：神奇宝贝乒乓球大会！加油，双尾怪手!!（双尾怪手离队）
第125集：樱花宝!坚强之战!?
第126集：训练家培育学园的铃奈老师！
第127集：切锋道馆！冰之对战!!（小智得到冰之徽章）
第128集：对战金字塔！真司对抗神代！
第129集：复活的雷吉奇卡斯！J再度登场！
第130集：电龙列车！“好看”登场!!（小刚的胡说树学会重臂槌）
第131集：全员对战！真司VS小智!! -前篇-
第132集：全员对战！真司VS小智!! -后篇-(小智的小火猴进化成猛火猴并学会音速拳）
第133集：由克希之影！（小刚看到由克希 ）
第134集：森林之王！巨蔓藤！！（小光的象牙猪学会觉醒力量）
第135集：全员参战！神奇宝贝齐心协力!!
第136集：时间和空间！银河团的野心！
第137集：玛力露·波加曼·电击怪!
第138集：小光vs妈妈!母女对抗!!
第139集：救出大木博士！牛蛙君对抗不良蛙!!
第140集：天然雀，天然鸟…不可思议的森林！
第141集：对战塔大君！那位男子叫山棕!!
第142集：史上最坏的波克比！
第143集：成都之节！菊草叶与小锯鳄登场（小光得到蛋并孵出火球鼠）（琴音和成暂时加入）
第144集：迷宫攻略！？谷间发电所
第145集：圆陆鲨…收服到了！（和成收服圆陆鲨）
第146集：神奇宝贝华丽大赛！睡莲大会！（小次郎代替武藏参赛，武藏得到睡莲缎带勋章）（小光不幸落败）
第147集：小智与小光！双打对战！！（和也的小锯鳄进化成蓝鳄，蓝鳄学会水炮）（琴音，和成离队）
第148集：梦妖与黑暗鸦与暗之石！
第149集：皮卡丘和波加曼分开了？
第150集：红的锁链！银河团起动!!
第151集：亚克诺姆·由克希·艾姆利多！（神奇宝贝猎人J被卷入漩涡生死不明）
第152集：帝牙庐卡与帕路奇犽，最后的战斗！（银河团老大赤木进入新世界，三干部被捕）
第153集：危险满满！小次朗的宝箱!
第154集：空中对战大师登场！天蝎王对抗巨钳螳螂!（天蝎王学会超级冲击，并离队）
第155集：双人对战,象牙猪与火球鼠!
第156集：圆陆鲨与【龙星群】!
第157集：收服到圆陆鲨了!!（小智收服圆陆鲨）
第158集：爆走！自爆磁怪VS巨金怪!!
第159集：急冻拳！泳气鼬对抗吸盘魔偶!!（小智的叉尾浮鼬学会急冻拳)
第160集：燃烧吧卡比兽！神奇全能的王者!!
第161集：神奇宝贝华丽大赛！朝月大会!!
第162集：双打比赛!VS正电拍拍・负电拍拍!!（小光得到朝月缎带勋章）
第163集：爆烈进化！烈焰猴！！（小智的猛火猴进化成烈焰猴）
第164集：波加曼走散了！（小光的波加曼学会水炮）
