我用的新世纪五笔，之前我会推荐86，但是现在我推荐新世纪。
86最大的优势是兼容性，只要是有五笔的地方，就一定是支持86的，这对于有特殊要求的职业是唯一的选择，比如需要频繁在不同的电脑上输入的银行职员。还有就是特殊情境，比如某些考试，机房提供的输入法只有86五笔。这类情况还是选86吧。
除此之外，86在设备兼容上比之新世纪，现在已经没有太大的优势了。
首先是苹果系统，现在全系自带86，98，新世纪五笔。可以外接键盘使用，苹果能支持新世纪五笔，对于新世经五笔的生态是极为关键的。
win系统，搜狗五笔应该是跟进的苹果，也内置了新世纪五笔。qq五笔可以挂词库，用qq帐号同步，在陌生的电脑上，也可以无缝地同步词库使用。
安卓，推荐亦形输入法，同样可以挂新世纪词库，打字体验极好，特别是外接键盘时，可以把键盘键高调成0，用亦形模式，装逼利器。
常用系统，基本不存在兼容性问题。
如果你最大的关注点是速度，用86更好，因为至少目前来说，用86的高手更多。而86高手们，一般情况下都没有意愿去转新世纪的，这是事实。
新世纪改良的初衷是减少无理码，加入笔顺原则，在人体工学的基础上对字根位置进行小幅优化。
我当年学五笔，学了两次，第一次不知道新世纪，学的86，中途放弃了，就是因为无理码太多，每次打到无理码的字，心里就是有点难受，可能是有点强迫症吧。无理码就是没有理由，强制规定这个字就这么打，不讲道理，记住了，养成肌肉记忆就可以了。
第二次直接学的新世纪，如果你看重这一点，那就可以试试新世纪，当然，新世纪对于无理码，笔顺， 并不能百分之百的满足，但是日常输入，比例上来说已经不会有较大的不适感，至少比86是进步明显的。
至于人体工学，简单说下，就是打字时，食指用的比较多，小指用的比较少。
还有就是重码，新世纪被质疑还有一项就是重码变多了，五笔发明人王永民引入了静态重码和动态重码，进行辩护，说是静态重码高了，但动态重码少了，静态重码就是单个的字分析，动态重码就是整体文本打下来分析。在我看来，这个不是什么问题，原因是86和新世纪的重码率基本在一个数量级上，较这一米两米的真，没有必要。
至于98，我觉得吧，地位有点尴尬，属于被王永民否定了的方案，新学的人，实在没有过硬的理由去学这个，真实想法，98用户勿怪哈。
三个版本，后者比前者都更好学好记。新世纪版最好。
但是情况是主流五笔输入法软件几乎都是采用的86版。
要想用新世纪版，推荐使用开放系统词库的QQ五笔，下载新世纪版词库txt文件，导入QQ五笔，替换系统词库就行，而且可以随账号同步。
但是偶尔在其他电脑上使用，要么要安装QQ五笔，要么用拼音输入。
你随便下载一个五笔输入法，百分之九十都是86版的，而且98版和新世纪版也都是在原版的基础上进行改编的，要学自然要学习最开始的，如果以后因为一些原因要用98版或者新世纪版，影响也不大，花很少的时间找到区别就可以了，不过我认为86版五笔到什么什么时候都不会过时，除非新版的两个真的有很多人学习，况且也都不是那么的完美无瑕，个人意见，支持86版。
我学的是新世纪五笔，开始的时候要用王码输入法才行，现在找到了精灵五笔也有新世纪五笔，挺好用的，后胜于今这是历史规律，学什么不言而喻。
86版受众最广，没有版权限制，你随便到一台电脑上都有可能找到86版的五笔。而新世纪版的有版权限制，要用必须花钱。不然得自己安装码表。你随便到一台新电脑上几乎都找不到新世纪版的五笔，都要自己下载码表安装，很麻烦的。
要说码表的规范性，新世纪五笔也规范不到哪儿去。就比如说“民”字，王码官网查是:NAV，但新世纪五笔的码表里压根就没有这个编码，只有：NNAV。还有很多类似这样的，老王编得乱七八糟。可能也是因为版权的关系用得人不多，提供反馈的人自然就少，老王自己规整又精力有限，所以才有这么多的错误吧。
所以，建议你还是学86版的五笔。到今天都还有这么多人用它，86版五笔的魅力可想而知！
新世纪
86版，因为新世纪版，支持的软件极少（只有新版的搜狗五笔？）。
电脑用的新世纪学会了，手机只有86版，怎么办？
而且淘宝上卖的字根键盘贴纸、键盘膜，都是86版的。
